Arrêt de travail : ce qui change à l'automne 2026 pour les soignants libéraux

Deux séries de textes parus en 2026 modifient les règles des arrêts de travail : la durée de prescription est désormais plafonnée, et certains arrêts longs sont indemnisés moins longtemps. Vous êtes soignant libéral et vous vous demandez ce que cela change pour vous ? Voici l’essentiel, sans jargon, avec ce qui bouge et ce qui reste identique.

En résumé : les deux nouveautés de 2026

Nouveauté	Depuis quand	Ce que dit le texte	Pour un soignant libéral
Durée de prescription plafonnée	Arrêts prescrits à compter du 1er septembre 2026	31 jours au plus pour le premier arrêt, 62 jours au plus par prolongation, sauf si l’état de santé justifie davantage	Vous êtes concerné comme patient, et aussi comme prescripteur si vous êtes médecin, sage-femme ou chirurgien-dentiste
Arrêts longs : durée dérogatoire ramenée de 3 ans à 1 an	Arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026	Hors affection de longue durée (ALD), pour les salariés, puis étendu aux travailleurs indépendants	L’Assurance maladie s’arrête de toute façon au 90e jour pour vous : le relais reste votre caisse, puis votre prévoyance

Depuis le 1er septembre 2026 : des arrêts prescrits pour 31 jours au plus

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 a créé un nouvel article dans le Code de la sécurité sociale (article R. 162-1-7-1). Selon Service Public, pour les arrêts prescrits à compter du 1er septembre 2026 :

• un premier arrêt ne peut pas dépasser 31 jours ;
• chaque prolongation ne peut pas dépasser 62 jours.

Ce n’est pas une limite à la durée totale de votre arrêt : le professionnel de santé peut prolonger au-delà s’il estime que l’état de santé le nécessite, en tenant compte des recommandations de la Haute Autorité de santé lorsqu’elles existent. La prolongation peut être faite par le prescripteur de l’arrêt initial, le médecin traitant, une sage-femme ou un chirurgien-dentiste. Ces plafonds ne s’appliquent pas à Mayotte.

Ce que cela change en pratique : un arrêt qui dure se fait désormais en plusieurs prescriptions successives. Pensez à transmettre chaque prolongation dans les délais à votre caisse d’assurance maladie, et à votre assureur si votre contrat de prévoyance vous verse des indemnités. Un document envoyé en retard peut retarder un versement.

Si vous êtes médecin, sage-femme ou chirurgien-dentiste, vous êtes aussi concerné de l’autre côté du bureau : ces plafonds s’appliquent aux arrêts que vous prescrivez.

Depuis le 15 octobre 2026 : certains arrêts longs indemnisés 1 an au lieu de 3

Deux décrets du 16 septembre 2026, parus au Journal officiel du 18 septembre, abaissent de 3 ans à 1 an la durée maximale dérogatoire d’indemnisation. Elle concerne les assurés dont l’état justifie un arrêt de plus de 6 mois, mais dont la maladie ne relève ni d’un accident du travail, ni d’une maladie professionnelle, ni d’une affection de longue durée.

• Le premier décret (n° 2026-866) vise les salariés du régime général et du régime agricole.
• Le second décret (n° 2026-867) étend la règle aux travailleurs indépendants, aux fonctionnaires de l’État et magistrats, et aux ministres des cultes.

La nouvelle durée s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026, et aux arrêts en cours qui atteignent 6 mois après cette date. Les assurés déjà en arrêt depuis plus de 6 mois au 15 octobre 2026 gardent l’ancienne règle (3 ans au plus). Les assurés en affection de longue durée gardent aussi 3 ans.

Ce qui ne change pas pour les soignants libéraux

Pour un professionnel libéral de santé, le schéma d’indemnisation reste le même en 2026 :

1. Jours 1 à 3 : délai de carence, aucune indemnité.
2. Jours 4 à 90 : l’Assurance maladie verse 1/730 de votre revenu annuel moyen, au plus 197,51 € par jour en 2026. Attention, ce n’est jamais automatique : il faut au moins 12 mois d’affiliation (sinon rien n’est versé) et des cotisations à jour. Le calcul se fait sur la moyenne des revenus cotisés des 3 dernières années civiles ; pendant vos 3 premières années, le revenu est ramené à l’année. Un jeune installé ou un revenu en forte hausse touche donc moins (Code de la sécurité sociale, art. D. 622-1 et D. 622-7).
3. À partir du 91e jour : votre caisse de retraite et de prévoyance prend le relais, avec ses propres règles. Certaines versent un montant fixe, d’autres un montant selon le revenu, d’autres rien du tout. Le détail caisse par caisse figure dans notre guide des indemnités journalières des professions libérales.

Autrement dit, la réforme des arrêts longs ne modifie pas le plafond de 90 jours de l’Assurance maladie pour les libéraux de santé. Le besoin à couvrir au-delà du 90e jour reste le même qu’avant : c’est le rôle de votre caisse, puis de votre prévoyance.

Un cas à part : si vous êtes affilié comme artisan ou commerçant (c’est le cas de certains ambulanciers et esthéticiennes), vos indemnités suivent les règles des travailleurs indépendants, sur une durée plus longue. Le second décret vous concerne alors plus directement : renseignez-vous auprès de votre caisse d’assurance maladie en cas d’arrêt long.

Exemple : Claire, infirmière libérale

Claire, infirmière libérale fictive installée depuis 6 ans, a un revenu annuel moyen cotisé de 40 000 € sur les 3 dernières années. Ses cotisations sont à jour. Elle se blesse et son médecin lui prescrit un arrêt en novembre 2026.

• Premier arrêt : 31 jours au plus. Son médecin le prolonge ensuite par tranches de 62 jours au plus.
• Jours 1 à 3 : rien.
• Jours 4 à 90 : 40 000 € ÷ 730 = environ 54,79 € par jour, soit environ 1 644 € par mois, versés par l’Assurance maladie.
• À partir du 91e jour : la CARPIMKO lui verse 55,44 € par jour en 2026, soit environ 1 663 € par mois.

Ses charges de cabinet, elles, continuent de tomber chaque mois. Ce qui reste à compléter, c’est l’écart entre ces montants et le niveau de vie qu’elle veut garder, plus ses frais professionnels. Pour connaître le vôtre en deux minutes, faites le calcul avec le simulateur du besoin à couvrir.

Comment compléter

Les nouvelles règles sont une bonne occasion de faire le point sur votre protection :

• Vérifiez la franchise de votre contrat : à partir de quel jour votre prévoyance verse-t-elle ? Certains contrats couvrent dès le 1er jour en cas d’accident.
• Vérifiez la durée de versement : un contrat de prévoyance peut verser des indemnités bien au-delà du 90e jour, puis une rente en cas d’invalidité. Notre guide sur l’invalidité professionnelle ou fonctionnelle vous aide à comprendre cette clause clé.
• Pensez aux frais de votre cabinet : loyer, salaires, crédits continuent pendant un arrêt. Une garantie frais généraux peut les prendre en charge.
• Envoyez vos documents à temps : avec des prolongations plus fréquentes, gardez une copie de chaque avis et notez les dates.

Notre page prévoyance des soignants libéraux détaille ces garanties, et chaque page métier, comme celle des infirmières libérales, montre ce que prévoit votre caisse.

En conclusion

Pour les soignants libéraux, 2026 change surtout la forme des arrêts (des prescriptions plus courtes, à renouveler) plus que le fond de l’indemnisation : l’Assurance maladie s’arrête toujours au 90e jour, et votre caisse prend le relais à sa manière. Votre contrat de prévoyance reste la pièce qui fait la différence pour maintenir vos revenus. Si vous voulez le relire avec nous, réservez un échange de 20 minutes.